Пусть Class - это модель, которая описывает какой-то объект
Тогда:
1. Class.java
Содержит все поля объекта. Их геттеры, а также метод сравнения объектов
2. Class$Builder.java
Содержит все сеттеры объекта + метод build(), который собирает все поля в объект Class
Class_*TypeAdapter.java (Например, Class_JsonTypeAdapter)
Содержит в себе методы read/write, которые переводят объект Class в контейнер (н-р, Json) и обратно.